Продолжение сюжета третьего фильма из серии «Звездный путь». Экипаж погибшего корабля «USS Enterprise» и его командир Кирк возвращается домой на захваченном клингонском звездолете. В это самое время вблизи родной Земли появляется неизвестный космически зонд, который обладает странным свойством негативно влиять на погоду. Возникают предположения, что таинственный зонд способен разрушить планету. Команда Кирка ловят сигнал корабля, выяснив, что пришельцы «говорят» на языке горбатых китов. Чтобы объясниться с непрошенными гостями, необходимо ответить им, но горбатые киты полностью вымерли к XXIII веку. Тогда звездная команда отправляется в прошлое за гигантскими водоплавающими.