Испания, 1944 год. Группа повстанцев сражается с фашистами в горных лесах северной Наварры. Офелия — 10-летняя одинокая и мечтательная девочка — переезжает со своей беременной матерью Кармен в военный лагерь отчима, капитана Видаля. Видаль — высокомерный и жестокий офицер армии Франко, который должен очистить район от повстанцев любой ценой. Офелия, увлеченная волшебными сказками, обнаруживает старинный заброшенный лабиринт неподалеку от дома.

Фея проводит ее в центр лабиринта, где она встречает Фавна, хозяина подземелья. Фавн утверждает, что знает её истинную судьбу и её тайное предназначение. Оказывается Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую многие века разыскивает ее отец. Фавн предлагает ей возможность вернуться в волшебное королевство. Но для начала она должна пройти три испытания до наступления полнолуния. Никто не должен узнать об этом.